Здание, в котором размещались одновременно больница, церковь и квартира священника, было построено в 80х годах XIX века по заказу тогдашнего директора Никитского Ботанического сада А.И.Базарова — специально для многочисленных сотрудников сада.
Торжественная закладка храма состоялась 25 марта 1884 года, в праздник Благовещения. 19 сентября 1885 года был установлен крест, а концу года закончили росписи в алтаре и на фасаде здания.
Храм освятил 5 февраля 1887 года настоятель Ливадийских церквей архимандрит Епифаний.
Построенное здание представляло собой просторную однонефную базилику, с северо-западной стороны к ней примыкал вестибюль, внутри которого располагалась лестница, ведущая на второй этаж, в церковь. На первом этаже устроили больницу, а квартиру священника пристроили к алтарной стене в виде одноэтажного выступа с балконом. В целом план здания представлял собой удлинённый четырёхконечный крест.
После революционных событий 1917 года церковь ещё некоторое время продолжала быть действующей, несмотря на то, что священника в ней уже не было. Однако, в конце 20-х годов государство с новой силой ополчилось на церковь, и храм в Никите был закрыт в сентябре 1927 года. Здание пытались переделать, изменить его облик: разрушили купол и звонницу, сбросили кресты и колокола… В течение долгих лет здание использовали как склад, магазин, научную лабораторию, дом культуры с кинотеатром в бывшей церкви. Не сохранились ни внутренние росписи, ни иконостас, ни иконы.
В 1991 году при непосредственном участии жителей поселка началось восстановление храма — они заключили с Никитским ботаническим садом договор об аренде здания бывшей больницы и церкви.
19 августа 1992 года перед входом совершили молебен и освятили здание.
7 апреля 1993 года освятили престол в алтаре и отслужили первую Божественную литургию.
