Раньше на месте нынешней церкви находилось село Дегунино, образовавшееся в 1339 году. Когда там появилась церковь никто не может сказать точно. Есть предположения, что в 1585 году. Но деревянной церкви было не суждено прослужить долго. Ее сожгли во время польско-ливонской войны. Новый храм начали строить в 1633 году. Деньги на это благое дело выделил священник. По окончанию работ церковь назвали в честь апостола Иоанна Богослова, с пределом святых Бориса и Глеба.
Во время правления Петра I село Дегунино было передано Алексеевскому девичьему монастырю. Далее следовала Отечественная война 1812 года, в которой, к счастью, храм уцелел.
В середине XIX века возник вопрос о ремонте церкви. Деньги на это благое дело скинулись прихожане, а купец В.А. Прохоров, владелец кирпичного завода выделил более 300 штук красного кирпича. Двери новой церкви заново распахнулись в 1866 году.
Во времена СССР церковь как и многие другие закрыли, а здание отдали под амбулаторию. Далее там располагалась артель инвалидов, которые переделали обитель под производственный цех. В 1987 году фабрику разогнали, а место отдали под клинику Микрохирургия глаза. К православной обители здание вернулось в 1991 году.
улица Дегунинская, 18а, город Москва
