В 1871 году архимандрит Николай переселяется в Токио. В предместье Суругадай, в квартале, отведенном для иностранцев, он приобретает участок земли и начинает строительство здания миссии с маленьким домовым храмом при нем. Но, по мере возведения миссии, значительно увеличивается число прихожан храма, и к концу 70-х годов встает вопрос о необходимости строительства большого православного храма. На купленном участке земли на холме Суругадай, где находилась православная миссия, не хватило места для столь грандиозного собора. Пришлось делать искусственную насыпь достаточно большой высоты, укрепляя ее сосновыми сваями. Все работы выполнялись с особой тщательностью по причине сложных сейсмических условий и, как говорил сам владыка Николай, «не было ничего рассчитанного на роскошь». Собор заложили в марте 1884 году строительство его продолжалось 7 лет.
