В пянадцатом веке костел был построен по приказу и на деньги князя Витаутаса Великого. Будущим храмом он хотел отблагодарить Пресвятую Деву Марию за то, что сумел избежать гибели во время сокрушительного поражения войска в битве на реке Ворскле с татарами. Костел стал одним из первых каменных храмов в Каунасе и пережил непростую историю.
Сначала он страдал от весенних паводков. В середине XVII века всех монахов храма перебили шведы, а костел разрушили. Руины храма долгие годы стояли заброшенными и никому не нужными. Костел восстановили только после изгнания шведов с литовской земли. Однако уже в 1812 году армия Наполеона, отступая, подожгла храм. До этого французы использовали его помещения в качестве склада боеприпасов и оружия.
За ними пришли русские войска и костел превратился в православную церковь. Соблюдая все религиозные каноны, внешний вид и интерьер здания сильно изменили, а в начале XX века здание закрыли. Русских сменили немцы. Они тоже не церемонились с храмом и приспособили костел для хранения железа и картофеля.
Тем не менее костел выжил и в конце концов вернулся к своему первоначальному облику и предназначению. Это произошло после того, как сооружение перешло в ведение Жемайтийского епископата.
В храме есть колокольня. По одной из версий историков, колокольным звоном подавался сигнал кораблям, плававшим по реке Неман.
В костеле похоронен литовский писатель Юозас Тумас-Вайжгантас.
Aleksoto gatvė 5 Old Town, Kaunas, Lithuania
